REVUELTA CAMPESINA CONTRA MARIANO GÁLVEZ

 En febrero de 1838, las fuerzas de Rafael Carrera, líder de la revuelta campesina, tomaron la Ciudad de Guatemala, pero cuando retornaron a Mataquescuintla en marzo se inició situación de anarquía tal, que los criollos guatemaltecos tanto liberales como conservadores, incluyendo a Pavón y los recién retornados miembros del Clan Aycinena solicitaron al general Francisco Morazán que fuera a Guatemala a pacificar el Estado, y ofrecieron conferirle poderes dictatoriales y proporcionarle dinero para el efecto.​ De esta forma, Morazán entró a Guatemala acompañado de José Francisco Barrundia y Cepeda quien era uno de los consejeros de Gálvez que había huido de Guatemala cuando Carrera tomó la ciudad y obligó a Carrera a refugiarse en las serranías de Mita, mientras reprimía fuertemente el oriente guatemalteco para terminar con la revuelta campesina. Morazán entonces le encomendó a Pavón y Aycinena la jefatura política de Antigua Guatemala.

Los criollos de ambos partidos celebraron hasta el amanecer el hecho de que tuvieran al fin a un caudillo como Morazán, capaz de derrotar a la rebelión del campo.Morazán utilizó los recursos que le proporcionaron los criollos guatemaltecos para apoyar a Los Altos y luego sustituyó al gobernador Valenzuela por Mariano Rivera Paz, allegado al Clan Aycinena, aunque no le retornó al clan los bienes confiscados en 1829; en venganza, Juan José de Aycinena y Piñol votó a favor de la disolución de la Federación Centroamericana en San Salvador un poco más tarde, obligando con ello a Morazán a regresar a El Salvador para luchar por su moribundo mandato federal. En el camino, Morazán incrementó la represión en el oriente guatemalteco, como escarmiento por haber ayudado a Carrera, a quien consideraba vencido.

Tras recuperar fuerzas, en septiembre de ese año Carrera intentó un asalto a la capital de Guatemala, pero el general liberal Carlos Salazar Castro lo derrotó en los campos de Villa Nueva, y Carrera tuvo que replegarse nuevamente al oriente del Estado. Tras varios intentos infructuosos de tomar la Antigua Guatemala, la Ciudad de Guatemala y Quetzaltenango, Carrera fue cercado y herido y tuvo que capitular ante el general mexicano Agustín Guzmán, comandante en jefe del ejército liberal del Estado de Los Altos a quien Manuel Francisco Pavón fue a pedir ayuda tras el ataque de los campesinos a Antigua Guatemala, y aconsejó sobre como debía tratar con Carrera. Los tres firmaron el «convenio del Rinconcito» por el cual Morazán no pudo fusilar a Carrera, pues necesitaba del apoyo del campesinado guatemalteco para poder contrarrestar los ataques de Francisco Ferrera en El Salvador; en lugar de eso, se vio obligado a nombrarlo como jefe militar de Mita, pero sin armas; cuando estaba en Mita, Ferrera lo invitó para reunirse, a lo que accedió; sabiendo que Morazán iba a atacar El Salvador, decidieron que Carrera iba a atacar la Ciudad de Guatemala y para ello Ferrera le dio mil armas y municiones.